Boudewijn Jansen studeerde piano en orkestdirectie aan het Utrechts Conservatorium. Tezelfdertijd nam hij deel aan de operastudio van de Nationale Reisopera in Enschede. Na zijn studie werd hij muzikaal leider en dirigent van de  Stichting Kameropera Nederland. Sinds 1994 maakt hij deel uit van de muzikale staf van De Nederlandse Opera in Amsterdam in de functie van assistent-dirigent en repetitor.

In 2001 debuteerde Boudewijn als dirigent in Het Muziektheater te Amsterdam met Janaceks Jenufa met het Radio Philharmonisch Orkest. Als koordirigent verzorgde hij diverse malen de instudering van het Koor van De Nederlandse Opera. Boudewijn dirigeerde onder andere het Nederlands Philharmonisch Orkest, Holland Symfonia en het Rotterdams Philharmonisch Orkest. Van grote muzikale betekenis voor hem was de samenwerking met o.m. Hartmut Haenchen, Mariss Jansons, Pierre Boulez en Sir Simon Rattle. In het kader van het Poortersfestival in Amersfoort dirigeerde hij in juni 2004 een operaproductie van Der Kaiser von Atlantis (Ullmann) en verzorgde hij de programmering van een serie concerten in de Amersfoortse binnenstad. Jaarlijks neemt hij de muzikale leiding op zich van het Utrechtse Oude Gracht Opera Concert.

Sinds september 2003 is Boudewijn dirigent van het Toonkunstkoor Amsterdam, een groot concertkoor met een rijke 175-jarige historie. Hij continueert hiermee tevens de ruim honderdjarige traditie van de uitvoering van de Matthäus Passion van Bach, op Goede Vrijdag in het Amsterdams Concertgebouw. Naast een eigen programmering, welke regelmatig wereldpremières en 20e eeuwse werken betreffen, is het Toonkunstkoor vaste partner van het Nederlands Philharmonisch Orkest en Holland Symfonia.

Sinds 1991 is Boudewijn Jansen dirigent van het VU-Kamerkoor. Onder zijn leiding heeft het koor naam verworven met een repertoire dat reikt van Bach's passies tot a capella wereldpremières. In 2000 dirigeerde hij een productie van Stravinsky's The Rake’s Progress en in het najaar van 2005 bracht hij een bijzonder operaprogramma met een drieluik van Martinu, Ansink en Puccini. In juni 2008 vervulde Boudewijn Jansen bij het VU-Kamerkoor succesvol een dubbelrol als dirigent én regisseur bij de uitvoering van de madrigaalkomedie The Unicorn, The Gorgon and The Manticore van Gian Carlo Menotti.